L'espansione della rete Natura 2000 può essere causa di nuovi conflitti e dell'inasprimento di quelli già esistenti quando i cosiddetti "portatori d'interesse" non vengono coinvolti nei processi di gestione, come avviene spesso per i cacciatori.
Una possibile soluzione a questo problema potrebbe arrivare direttamente dall'Unione Europea attraverso un progetto in via di realizzazione voluto dalla Direzione Generale della Commissione Ambiente per analizzare i conflitti e attuare le strategie per la partecipazione attiva di tutti i soggetti nella gestione delle aree umide protette.
L'iniziativa terminerà a giugno del 2010 ed è condotta dall'istituto di ricerca ambientale Alterra e dal Centro europeo per la conservazione della natura (ECNC). I membri della FACE sono direttamente coinvolti nell'osservazione dei conflitti esistenti nei diversi Paesi. Queste osservazioni verranno poi analizzate da tre gruppi di lavoro. Un esperimento di questo genere è già stato attuato grazie all'organizzazione di un incontro a Bruxelles di agricoltori, proprietari di terreni, pescatori, cacciatori e ambientalisti che hanno identificato l'origine dei conflitti e ipotizzato le possibili soluzioni.